Desain Primer dan Optimasi Suhu Annealing untuk Amplifikasi Gen RET

Authors

  • Nurul Aulia Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang

DOI:

https://doi.org/10.33477/bs.v12i1.4296

Abstract

Gen RET merupakan gen yang terletak pada kromosom 10q11.2 dan pengkode reseptor tirosin kinase. Mutasi gen RET pada manusia telah dikaitkan dengan penyakit Hirschsprung dan anomali kongenital ginjal atau saluran kemih. RET merupakan salah satu gen yang menyebabkan penyakit Hirschsprung, setidaknya 20% dari semua kasus penyakit Hirschsprung disebabkan oleh mutasi gen RET. Mutasi dapat berupa mutasi nonsense, mutasi missense, delesi dan insersi. Mutasi pada suatu gen dapat dilacak dengan teknik sequencing. Primer merupakan salah satu komponen yang penting untuk dilakukannya sequencing dan suhu annealing yang optimum merupakan kunci keberhasilan dari penempelan primer terhadap gen target. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer dan menentukan suhu annealing yang optimal untuk mengamplifikasi gen RET. Primer didesain menggunakan Geneious Prime, yang kemudian dianalisis secara in silico berdasarkan kriteria primer yang baik. Optimasi suhu annealing yang dilakukan menggunakan gradient PCR. Hasil dari penelitian ini diperoleh primer yang dibuat menggunakan Geneious Prime menghasilkan primer terbaik yaitu primer forward 5’-AACACAGCGAGACTCCATCA-3’ dan reverse 5’-TGGCTACACGGACACTAAACC-3’ yang spesifik mengamplifikasi Gen RET. Suhu annealing yang optimum untuk kedua primer yaitu 53.2°C.

Downloads

Published

2023-05-21

Issue

Vol. 12 No. 1 (2023): BIOSEL (Biology Science and Education): Jurnal Penelitian Science dan Pendidikan

Section

Articles

License

Authors who publish with this journal agree to the following terms: Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal. Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal. Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work.